به گزارش نماینده در خاطرات آیت الله مهدوی کنی می خوانیم :

من گاهی از اوقات به روش دولت یا به بیانات و یا موضع‌گیری‌های آقای خاتمی در مسائل دینی و انقلابی اعتراض داشتم. آقای خاتمی می‌خواستند بسیاری از نظرات روشنفکرانه را به عنوان قرائت‌های گوناگون حل کنند. همین قدر می‌دانم که اشاراتی به قرائت‌ها و روایت‌ها داشتند و مسائل قطعی و ضروری را از مسائل ظنی و اختلافی تفکیک می‌کردند و تنها مسائل مسلمه را از وداع قرائت‌ها بیرون می‌دانستند. ایشان مخصوصا با آقای مصباح یزدی خیلی برخورد داشتند؛ گرچه اکنون آن برخوردها کم شده است، ولی اوایل طوری بود که هر وقت آقای مصباح حرفی می‌زدند ایشان در مقام رد و پاسخ گویی برمی‌آمدند؛ به خصوص به بهانه قرائت‌ها، که زمانی بازار آن داغ بود. برای مثال آقای مصباح در نماز جمعه‌ی تهران بحثی را عنوان کرد که الان یادم نیست در چه موضوعی بود. فردای آن روز جناب آقای خاتمی در یک سخنرانی در برابر سخنان آقای مصباح موضع‌گیری کردند و گفتند: مسئله‌ی قرائت‌ها و برداشت‌ها در تمام مسائل وجود دارد و حتی در توحید هم اختلاف نظر هست، من از این برخوردها ناراحت می‌شدم و در مقاله‌ای به عنوان جامعه‌ی روحانیت نوشتم که چرا مسائل اعتقادی و معرفتی را با مسائل سیاسی خلط می‌کنید؟ اساسا بحث قرائت‌ها مربوط به مسائل سیاسی و اجتماعی است؛ ولی در مسائل اعتقادی و معرفتی مراتب مختلف عرفان را نباید با قرائت‌ها اشتباه کرد. ممکن است گاهی هم قرائت‌هایی باشد، لکن بسیاری از مسائل که درباره‌ی آنها تعبیر قرائت معمول شده، مقصود مراتب معرفت است نه اختلاف در قرائت. از باب مثال درباره‌ی توحید؛ عارف، خدا را واحد می‌داند، فیلسوف هم خدا را واحد می‌داند، متکلم هم خدا را واحد می‌داند، یک آدم عامی درس نخوانده نیز خدا را واحد می‌داند، همه‌ی اینها در وحدت حرفی ندارند. همه خدا را یگانه می‌دانند و هر کدام مرتبه‌ای از وحدت را شناخته و بر طبق عرفان خود آن را تفسیر و تعریف می‌کنند و اختلاف آنها در مراتب عرفانیست؛ چنان که در مراتب نور اختلاف به شدت و ضعف است و در واقع اختلافی نیست. یکی وحدت مفهومی را در نظر دارد، دیگری وحدت حقیقی برای وجود قائل است و عالم هستی را واحد حقیقی می‌پندارد و موجودات را مظاهر الهی و تجلیات خدا می‌داند. فلاسفه خدا را یگانه و همه‌ی موجودات را مخلوق او می‌دانند. تمام اینها مراتب معرفت یک شیء است. این مراتب، به قول حکما مراتب تشکیکی است، مانند درجات نور که یک درجه‌ی از آن صد شمع است. مرتبه‌ی دیگر ۹۰ و مرتبه‌ی دیگر کمتر یا بیشتر، این درجات مختلف، همه نور است و درجات عرفان نیز مانند درجات نور است. همه نور است و در عین حال با هم تفاوت دارد، اما تضاد و تناقض در میان آنها نیست.

بنابراین مسائلی که در معرفت‌شناسی به خصوص در معارف اسلامی هست اینها غالبا مراتب معرفت است نه قرائت‌های گوناگون از یک حقیقت. پس نبایستی اینها را با مسائل سیاسی قیاس کرد.

در آن اعلامیه این نکته را اضافه کردم که متاسفانه آن مسئول محترم ناخودآگاه به مخالفین نظام و انقلاب چراغ سبز نشان می‌دهد و آنها از بیانات ایشان سوء استفاده می‌کنند.